Pierwsze znane użycie Mangekyo Sharigan przez Kakashi było przeciwko Deidarze. Myślę jednak, że twoje pytanie naprawdę dotyczy tego, dlaczego nie użył go wcześniej. Może być wiele powodów, dla których nie użył go lub nie został pokazany przy użyciu go wcześniej.
Kakashi obudził Mangekyo Sharingan kiedy Rin został zabity. Nie dotrzymał więc obietnicy złożonej Obito. Był to więc dla niego bolesny emocjonalnie moment, związany zarówno z Rinem jak i Obito. Być może nie chciał go od tego czasu wykorzystać, aby nie wracać do tych emocji.
Jak wspomniano w odpowiedzi lextera, innym powodem jest to, że będąc nie-Uchiha, po prostu nie miał wystarczającej wytrzymałości, aby skutecznie wykorzystać go w walce. Nawet po timeskip, mógł używać go tylko dwa razy dziennie, a musiał odpoczywać przez około tydzień. Przed timeskipem był odpowiedzialny za uczniów na poziomie genów i nie mógł ryzykować, że zostanie znokautowany i narazi swoich uczniów na niebezpieczeństwo.
Również przed timeskipem po prostu nie potrafił walczyć ze złoczyńcami, przeciwko którym był zmuszony go używać. Walczył tylko z Zabuzą i Haku podczas łuku Land of Waves, a nienazwani shinobi z Sand Village i Sound Village podczas inwazji na łuk Konoha. Jeśli Orochimaru miałby z nim walczyć, Kakashi prawdopodobnie zostałby zmuszony do użycia go, ale Orochimaru walczył z Trzecim Hokage.
Łatwa przegrana z Uchiha Itachi mogła zmusić Kakashi do rozważenia użycia go, ze względu na zwykłą logikę shounen/Naruto “Jeśli chcę chronić swoją nakamę, muszę stać się silniejszy.”
Mogło być też kilka autorskich kwestii, dlaczego Kakashi nie mógł być pokazany przy użyciu go wcześniej. Sasuke był wówczas bohaterem, a jego głównym celem w życiu było zabicie Itachiego. Dlatego też konieczne było przedstawienie Itachi jako supermocnego kosmetyka. Zapewnienie, że Mangekyo Sharingan jest po raz pierwszy wspomniany przy wprowadzaniu Itachi, zmaksymalizowałoby postrzeganie przez publiczność tego, jak silny i zły jest Itachi.
Innym powodem jest to, że nie było w planie autora, że Kakashi już obudził Mangekyo Sharingan, gdy seria się rozpoczęła, i planował zaoferować alternatywne wyjaśnienie, jak on obudził go w okresie timeskip. Jednak, gdy zaczął mówić o wiszących nici podczas kręcenia historii, zdecydował się podkuć ją do Obito’s backstory.